Estudio in silico de factores transcripcionales básicos de zipper de leucina de Carica papaya L.
DOI:
https://doi.org/10.29166/quimica.v7i1.2811Palabras clave:
bZIP, factores transcripcionales, papaya, caricáceasResumen
Los factores transcripcionales regulan la expresión de genes al interactuar directamente con el ADN. La clase de factores básicos de zipper de leucina o bZIP en arabidopsis posee 75 miembros con dominios de aminoácidos similares entre todos sus miembros. En este trabajo se estudió in silico el genoma de papaya con la finalidad de encontrar posibles genes ortólogos bZIP en papaya. Se encontró 37 secuencias posibles, se realizó el análisis bioinformático de las secuencias. Se agrupó las secuencias y nombró de forma similar a la clasificación de arabidopsis. Los resultados expuestos a continuación podrían ser utilizados para evaluar de forma experimental la función biológica posible de estos genes en papaya.
Descargas
Citas
T. R. Hughes in A Handbook of Transcription Factors, Ed.: T. R. Hughes, Springer Science+Bussiness Media B.V., New York, 2011, pp. 1.
Salgado, H.; Martínez-Antonio, A.; Janga, S. FEBS Lett. 2007, 58, 3499‒3506.
Matys, V.; et al. Nuc. Ac. Res. 2006, 34, D108‒D110.
Hakoshima, T. eLS, 2014, 1–5.
Landschulz, W.H.; Johnson, P.F.; McKnight, S.L. 1988. Science. 1998, 240:1759–64.
O'Shea E.K.; Klemm, J.D.; Kim, P.S.; Alber; T. Science. 1991, 254, 539-44.
Jakoby, M.; Weisshaar, B.: Dröge-Laser, W.; Vicente-Carbajosa, J.; Tiedemann, J.; Kroj, T.; Parcy, F. Trends Plant Sci. 2002, 7, 3, 106‒111.
Ming, R.; et al. Nature. 2008, 452, 24, 991‒996.
Takata, N.: Saito, S.; Tanaka, C.; Uemura, M. BMC Evol. Biol. 2010, 10,126.
Peraza-Echeverria, S.; Santamaría, J.M.; Fuentes, G.; Menéndez-Cerón, M.: Vallejo-Reyna, M.A.; Herrera-Valencia, V.A. Genes Genom. 2012, 34, 4, 379‒390.
Estrella-Maldonado H.; et al. Plant Cell Tiss. Organ Cult. 2016, 126, 2, 187-204.
Estrella-Maldonado, H.; et al. Plant Growth Regul. 2018, 37, 2, 502–516.
Idrovo-Espín, F.M.; Peraza-Echeverria, S.; Fuentes, G.; Santamaría, J.M. Plant Physiol. Bioch. 2012, 54, 113‒122.
Arizala-Quinto, E.; Viteri, G.; Idrovo-Espín, F. J. Basic App. Gen. 2019, 30, 1, 1–3.
Cevallos-Vilatuña T.; Garzón-Salazar K.; Idrovo-Espín F. Rev. Amazónica Ciencia Tec. 2019, 8, 1, 1–11.
Swarbreck, D.; et al. Nuc. Ac. Res. 2008, D1009–14.
Goodstein, D.M.; el al. Nuc. Ac. Res. 2012, D1178‒86.
FGENESH. http://www.softberry.com/berry
phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind (accesado 6 de abril 2020).
Kumar, S.; Stecher, G.; Tamura, K. Molec. Biol. Evol. 2016, 33, 7, 1870‒1974.
Santiago-Sotelo, P.; Ramirez-Prado, J. H. BioTechn. 2012, 53, 5, 299–300.
Altschul S. F.; Madden T. L.; Schäffer A. A.; Zhang J.; Zhang Z.; Miller W.; Lipman D. J.; Nucl. Ac. Res. 1997, 25, 3389–3402.
Uno, Y.; Furihata, T.; Abe, H.; Yoshida, R.;Shinozaki, K.;Yamaguchi-Shinozaki, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 97, 11632–11637.
Choi, H.; Hong, J.; Ha, J.; Kang, J.; Kim, S.Y. J. Biol. Chem. 2000, 21, 1723–1730.
Kang, J.; Choi, H.; Im, M.; Kim, S. Plan Cell. 2002, 14, 343‒357.
Yoshida, T.; et al. Plant J. 2010, 61, 672–685.
Yoshida, T.; et al. Plant Cell Environ. 2015, 38, 35–49.
Liu, J.; Srivastava, R.; Howell, S. Plant Cell. 2007, 19, 4111-4119.
Song, Z.T.; Sun, L.; Lu, S. J.; Tian, Y.; Ding, Y.; Liu, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 3, 112, 9, 2900–2905.
Ehlert, A.; Weltmeier, F.; Wang, X.; Mayer, C.; Smeekens, S.; Carbajosa, V.; Lase, W. Plant J. 2006, 46, 890‒900.
Matiolli, C.C.; et al. Plant Physiol. 2011, 157, 2, 692-705.
Kesarwani, M.; Yoo, J.; Dong, X. Plant Physiol. 2007,144, 1, 336‒346.
Gibalova, A.; Renák, D.; Matczuk, K.; Dupl’áková, N.; Cháb, D.; Twell, D.; Honys, D. Plant Molec. Biol. 2009, 70, 581‒601.
Assunçãoa, A.; et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010,107, 10296–10301.
Hsieh, W.; Hsieh, H.; Wu, S. Plant Cell. 2012, 24, 3997‒4011.
Huang, L.; Zhang, H.; Zhang, H.; Deng, X.; Wei, N. Plant Sci. 2015, 238, 330‒339.
Tsugama, D.; Liu, S.; Takano, T. PLOS One. 2014, 9, 8, e103930.
Rook, F.; Weisbeek, P.; Smeekens, S. Plant Molec. Biol. 1998, 37, 171‒178.
Bowers, J.E.; Chapman, B.A.; Rong, J.; Paterson, A.H. Nature. 2003, 422, 433–438.
Langham, R.J.; Walsh, J.; Dunn, M.; Ko, C.; Goff, S. A.; Freeling, M. Genetics. 2004,166, 2, 935‒945.
Fang, J.; et al. Euphytica, 2016, 209, 323–339
Moitra, J.; Szilák, L.; Krylov, D.; Vinson, C. Biochem. 1997, 36, 41, 12567–12573.
Deppmann, C., Acharya, A.; Rishi, V.; Wobbes, B.; Smeekens, S.; Taparowsky, E.; Vinson, C. Nuc. Ac. Res. 2004, 32, 11, 3435‒3445.
Martínez, M. Comput. Struct. Biotechnol. J. 2013, 8, 10, e201307001.
Descargas
Publicado
Cómo citar
Número
Sección
Licencia
Derechos de autor 2021 Fabio Marcelo Idrovo Espín, Karime Domínguez, Esmeralda Endara
Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0.
Los originales publicados en las ediciones impresa y electrónica de esta revista QUÍMICA CENTRAL son propiedad de la Universidad Central del Ecuador, siendo necesario citar la procedencia en cualquier reproducción parcial o total.
La propiedad intelectual de los artículos publicados en revista QUÍMICA CENTRAL pertenece al/la/los/las autor/a/es/as, y los derechos de explotación y difusión científica están direccionados para la revista QUÍMICA CENTRAL mediante CARTA DE AUTORIZACIÓN DE PUBLICACIÓN publicada en esta plataforma.